Các ninja của Ninja Village không thực sự là những sát thủ chết người như bạn mong muốn. để phu hợp với truyền thống Kairosoft, các ninja đều rất nhỏ, vụng về và dễ thương, và họ dành phần lớn thời gian vào chăm sóc vụ mùa, chặt gỗ và trang trí các phòng trà địa phương. Họ không mặc bộ đồ ngủ màu đen và đeo mũ trùm nhưng bạn có thể mua và trang bị cho họ những chiếc mũ trùm nếu bạn thích, và họ sẽ không thể vượt các bức tường lâu đài rộng hoặc biến mất trong đám mây khói huyền diệu. Về cơ bản, họ chỉ là những người sống cuộc sống bình thường trong một ngôi làng nhỏ.

Ninja Village (làng Ninja) được chia thành 2 nửa. Nó là bản mô phỏng quản lý một thành phố đầu tiên và quan trọng nhất cho phép bạn sắp xếp các tòa nhà, cây cối và cánh đồng khác nhau trong một ngôi làng bé nhỏ dần dần trở thành một thị trân nhộn nhịp. Nó không phải là một mô phỏng đặc biệt phức tạp, và các kích thước, số lượng các cơ sở vật chất ban đầu rất ít và phát triển chậm, cũng như chính ngôi làng của bạn. Bạn phải thực hiện các quyết định nhưng không nên quá sức để theo kịp các quyết định đó và hãy chuẩn bị mõi thứ cẩn thận trước khi thực sự vào cuộc.

Sự cân bằng thời gian của bạn sẽ được chi cho các chiến trường, và trong khi nó không phải một chiến thuật sử thi quan trọng, sự thành công của các cuộc chiến sẽ đòi hỏi suy nghĩ và đầu vào nhiều hơn. Sau khi game bắt đầu, bạn sẽ thấy mình hỗ trợ tướng Shogun bị lật đổ, kêu gọi quân đội dưới cái tên đó và dẫn nó chống lại các gia tộc ly khai. Có bốn loại quân - bộ binh, cung thủ, xạ thủ và kỵ binh - với những điểm mạnh và điểm yếu riêng. Bạn sẽ không có quyền truy cập vào tất cả các loại quân trên ngay lập tức, đội quân của bạn càng nhiều, việc  thêm chúng vào hàng ngũ của bạn càng đắt, vì vậy hãy làm cho những gì bạn đã có một cách nhanh chóng trở thành một ưu tiên. Bằng cách nghiên cứu các công nghệ mới, bạn có thể tăng khả năng của các đơn vị của bạn, cho phép họ tấn công và bảo vệ hiệu quả hơn và thậm chí chiếm thế thượng phong so với đội quân có số lượng lớn hơn.

Trong khi quân đội của tướng quân Shogun xử lý các thị tộc lừa đảo, dân làng của bạn sẽ tự chăm sóc của các vấn đề cá nhân của chính họ. Họ là những ninja, vì thế khi một băng nhóm cướp bắt đầu gây rắc rối hoặc một tên giết người chiếm nơi cư trú trong các ngọn đồi gần đó, họ có thể tự hành động theo ý của mình. Các ninja là hoàn toàn khác nhau, với điểm nhấn, đánh giá một cuộc tấn công và phòng thủ và trong nhiều trường hợp sẽ sử dụng một kỹ năng đặc biệt, và họ sẽ cải thiện khi họ đạt được cấp thông qua tập trung huấn luyện hoặc các cuộc chiến. Họ cũng có thể được trang bị dao hoặc vũ khí cận chiến, mũ bảo hộ và áo giáp và một vú khí “đặc biệt" cung cấp cho họ một phần thưởng duy nhất hoặc tăng khả năng chiến đấu. Ninja của bạn sẽ hầu như luôn đông hơn rất nhiều, do đó đem lại cho họ các vũ khí chiến đấu tốt nhất và quan trọng để có được chiến thắng, và bạn sẽ cần phải sắp xếp họ ở phía trước, trung tâm hoặc đứng phía sau để tối đa hóa hiệu quả của họ trong các trận chiến.

Chiến thắng sẽ mang lại cơ hội tiếp cận với công nghệ mới, có thêm dân làng mới, và đặc biệt là làm đất, cho phép bạn mở rộng lãnh thổ ngoài lãnh thổ ban đầu.